• مقدمه (14)
  • تعریف مسئله (15)
  • کاربردها (16)
  • چالش‌ها (19)
  • اهداف پژوهش (20)
  • ساختار پایان‌نامه (20)
• مفاهیم اولیه (21)
  • مقدمه (21)
  • مفاهیم زیستی و ژنتیکی (21)
    • دنا و کروموزوم (21)
    • باور مرکزی زیست‌شناسی مولکولی (23)
    • تک نوکلئوتاید چندریخت (24)
    • ویژگی‌های پیچیده و مطالعات ارتباطات در گستره‌ی ژنوم (25)
    • عدم تعادل در هم‌بستگی ژنتیکی (26)
  • مفاهیم ریاضیاتی و آماری (27)
    • آزمون فرضیه (28)
    • آزمون چندگانه (29)
    • نرخ خطای خانوادگی (30)
    • روش تصحیح Bonferroni (31)
    • نرخ یافته‌های اشتباه (31)
    • روش Benjamini-Hochberg (32)
    • استقلال شرطی (33)
    • توزیع نرمال چندمتغیره (33)
    • مدل‌های مولد (34)
    • خودرمزگذار تغییرپذیر (VAE) (36)
    • شبکه‌های مولد متخاصم (38)
  • جمع بندی (40)
• کارهای پیشین (41)
  • مقدمه (41)
  • روش لاسو برای انتخاب متغیر (42)
    • مدل و تعریف ریاضی (42)
    • ویژگی‌های روش لاسو (42)
    • نقش پارامتر منظم‌سازی (43)
    • محدودیت‌های روش لاسو (43)
  • روش لاسو گروهی برای انتخاب متغیر (43)
    • مدل و تعریف ریاضی (44)
    • مشخصه‌ها و انگیزه‌ی استفاده (44)
    • انتخاب پارامتر و وزن‌ها (44)
    • گسترش‌ها و تعمیم‌ها (45)
    • محدودیت‌ها (45)
  • روش Knockoff Filter (45)
    • مراحل روش Knockoff Filter (46)
  • روش Model-X Knockoffs (49)
    • مراحل روش Model-X Knockoff (50)
  • روش Knockoff گروهی (52)
    • مراحل روش Knockoff گروهی (52)
  • تولیدکننده‌ی خودرمزگذار Knockoff برای انتخاب متغیر با کنترل نرخ کشف اشتباه (54)
    • مرور روش Model-X Knockoffs (54)
    • ایده‌ی خودرمزگذار برای تولید Knockoff (54)
    • معماری مدل (54)
    • محاسبه‌ی آمارۀ اهمیت و کنترل نرخ یافته‌های اشتباه (55)
    • مزایا و چالش‌ها (55)
    • نتایج اولیه (55)
  • روش شبکه‌ی مولد متخاصم برای تولید Knockoff (56)
    • بیان ریاضی مسئله (56)
    • معماری روش KnockoffGAN (56)
    • نتایج تجربی (60)
  • جمع‌بندی (60)
• روش پیشنهادی (62)
  • مقدمه (62)
  • بیان رسمی مسئله (63)
  • روش پیشنهادی برای حل مسئله (64)
    • مدل‌سازی گروهی (65)
    • الگوریتم کلی روش پیشنهادی (71)
    • نتایج نظری (73)
  • جمع‌بندی (76)
• آزمایش‌ها (77)
  • مقدمه (77)
  • معیارهای ارزیابی (78)
  • داده‌های ساختگی (78)
    • داده‌‌های ساختگی پیوسته از توزیع شناخته شده (78)
    • داده‌‌های ساختگی پیوسته از توزیع ناشناخته (79)
    • داده‌های ساختگی گسسته (80)
  • داده‌های واقعی (81)
  • نتایج آزمایش‌ها (82)
    • ارزیبابی بر روی داده‌های ساختگی پیوسته از توزیع شناخته شده (82)
    • ارزیبابی بر روی داده‌های ساختگی پیوسته از توزیع ناشناخته (88)
    • ارزیابی بر روی داده‌های ساختگی گسسته (93)
    • ارزیابی بر روی داده‌های واقعی (93)
  • جمع‌بندی (94)
• ‌جمع‌بندی و کارهای آتی (96)
  • جمع‌بندی (96)
  • کار‌های آتی (97)
• مراجع (98)
• واژه‌نامه (103)