• مقدمه (13)
  • تعریف مسئله (13)
    • تمایل اتصال در ترکیب پادتن-پادزا (17)
  • اهمیت موضوع (19)
    • چالش‌های موجود (21)
  • اهداف پژوهش (22)
  • رویکرد حل مسئله و نوآوری ها (22)
  • ساختار پایان‌نامه (23)
• مفاهیم اولیه (24)
  • برهم‌کنش پروتئین-پروتئین (24)
  • پادتن (26)
    • ساختار و عملکرد (26)
    • رویه‌های شماره‌گذاری (29)
    • تولید در بدن (29)
  • یادگیری خودنظارتی (33)
    • الگوریتم ها و روش ها (34)
    • یادگیری خودنظارتی در گراف (36)
    • یادگیری هندسی (37)
• کارهای پیشین (39)
  • روش‌های مبتنی بر ساختار سه بعدی (40)
    • CSM-AB (40)
    • Area-Affinity (41)
    • AB Features (43)
    • ANTIPASTI (44)
    • DSMBIND (47)
    • P2PXML (49)
  • روش‌های مبتنی بر توالی اسید‌های آمینه (50)
    • Mixture of Experts (50)
    • HAG-Net (51)
    • DG-Affinity (53)
    • AntiFormer (54)
  • جمع‌بندی (55)
• روش پیشنهادی (57)
  • فرمول‌بندی مسئله (58)
  • شبکه‌های پایه (59)
    • Barlow Twins (60)
    • GET (63)
  • معماری پیشنهادی (65)
    • شبکه کدگذار اصلی (67)
    • شبکه‌ی پایین‌دستی نظارت‌شده (68)
    • وظایف خودنظارتی (69)
  • توابع هزینه (71)
    • تابع هزینه اصلی (71)
    • تابع هزینه طبقه‌بندی (72)
    • تابع هزینه زنجیره‌های جانبی (73)
    • تابع هزینه شبکه پایین دستی (73)
• نتایج (74)
  • معرفی مجموعه دادگان مورد استفاده (74)
    • مجموعه SAbDab (74)
    • مجموعه Skempi-v2 (75)
  • پیش‌پردازش دادگان (76)
    • فیلترسازی دادگان (76)
    • تعمیر ساختارهای معیوب (77)
    • شماره‌گذاری (78)
    • تعیین پاراتوپ (78)
    • خوشه‌بندی (79)
    • تعیین برچسب (79)
  • معیار‌های ارزیابی (80)
  • نتایج (82)
    • ارزیابی مدل خودنظارتی (82)
    • ارزیابی مدل پیش‌بینی‌کننده تمایل اتصال (83)
  • تنظیمات و منابع سخت‌افزاری (86)
  • محدویت‌ها و مشکلات (88)
• نتیجه‌گیری (90)
  • جمع‌بندی روش پیشنهادی (91)
  • کار‌های آتی (93)
• مراجع (95)
• واژه‌نامه (103)