• فهرست جداول (13)
• فهرست تصاویر (14)
• مقدمه (18)
  • تعریف مساله (18)
  • چالش‌ها (20)
    • جمعیت کم زیردسته‌ی لنفوسیت تی خاطره‌ی بنیادی (20)
    • پیدا کردن پایگاه داده‌ی مناسب (21)
    • نویز بسیار داده‌های تک‌سلولی (21)
    • عدم امکان انجام آزمایشات مولکولی در کشور به منظور تایید نتایج حاصل از آنالیز (22)
  • نوآوری‌های این مطالعه (22)
    • استفاده از داده‌ی بیان ژن دو نوع لنفوسیت تی، یاری رسان و کشنده، و فراتحلیل آن‌ها (22)
    • ارائه‌ی فرضیه برای یک مسیر ژنتیکی جدید در فرآیند توسعه با استفاده از اطلاعات نشانگرهای بدست آمده و بر اساس مقالات پیشین (23)
    • استفاده‌ از داده‌ی تک‌سلولی برای اعتبار بخشیدن به نتایج آنالیز داده‌ی ریزآرایه و پیداکردن نشانگر‌های جدید (23)
  • ساختار پایان‌نامه (24)
• مرور بر مفاهیم (25)
  • مفاهیم (25)
    • اسیدهای نوکلئیک (25)
    • دی‌ان‌ای (26)
    • آران‌ای (26)
    • ژن و بیان ژن (28)
    • مسیرهای سیگنالی در سلول‌ها (28)
    • لنفوسیت تی و گونه‌های آن (29)
    • نحوه‌ی عملکرد لنفوسیت‌های تی (30)
    • خستگی (31)
    • ایمونوتراپی (32)
  • داده‌ی ریزآرایه (35)
  • داده‌ی تک‌سلولی (35)
  • فلوسایتومتری (40)
  • جمع‌بندی (49)
• مرور بر مبانی نظری (50)
  • داده‌ی ریزآرایه (51)
    • آنالیز داده‌ی ریزآرایه (51)
    • نرمال‌سازی داده (54)
    • روش اجرای فراتحلیل بر داده‌ی بیان ژن مایکرواری و تصحیح اثرات ناشی از گردآوری چند آزمایش (اثر دسته‌ای) (54)
    • روش پیدا کردن ژن‌های با بیان متفاوت (57)
  • داده‌ی تک‌سلولی (58)
    • کاهش نویز (58)
    • خوشه‌بندی (63)
    • روش پیدا کردن ژن‌های با بیان متفاوت (64)
    • روش تشکیل خط سیر در طول فرآیند‌های سلولی (65)
  • جمع‌بندی (68)
• پیاده‌سازی و نتایج (70)
  • ریزآرایه (70)
    • معرفی پایگاه داده‌های بیان ژن مورد استفاده (70)
    • نرمال سازی داده (71)
    • فراتحلیل (71)
    • تصحیح اثر دسته‌ای (74)
    • پیداکردن ژن‌های با بیان متفاوت و مرتب کردن آن‌ها در طول فرآیند توسعه (74)
  • تک‌سلولی (78)
    • معرفی دیتاست بیان ژن-بیان پروتئین تک‌سلولی مورد استفاده (78)
    • کاهش نویز و جانهی (78)
    • خوشه بندی سلول‌ها با پیاده‌سازی روش مشابه فلوسایتومتری (79)
    • تشکیل خط سیر و تایید آن (86)
    • بررسی میزان تغییر بیان ژن‌های معرفی شده در آنالیز ریزآرایه در طول خط سیر (89)
    • پیدا کردن نشانگرهای مربوط به هر زیردسته (90)
  • جمع‌بندی (93)
• بررسی نتایج (94)
  • معرفی فرضیه‌ی مسیر ژنتیکی جدید بر اساس نشانگرهای معرفی شده در آنالیز ریزآرایه و مقالات (96)
  • بررسی عملکرد نشانگرهای بدست آمده از آنالیز تک‌سلولی بخصوص برای دسته‌ی لنفوسیت‌های تی بنیادی خاطره (97)
  • جمع‌بندی (101)
• جمع‌بندی و کارهای آینده (102)
  • جمع‌بندی (102)
  • کارهای آینده (103)
    • طراحی یک آزمایش مولکولی برای تایید مسیر ژنتیکی پیشنهاد شده (103)
    • طراحی یک آزمایش مولکولی برای تایید نشانگرهای تمایزدهنده‌ی لنفوسیت بنیادی خاطره (103)
    • استفاده از داده‌ی بیان ژن هر کلاستر برای تشکیل شبکه‌ی تنظیم کننده‌ی بیان ژن هر زیردسته (104)
• مراجع (105)