• فهرست تصاویر (9)
• فهرست جداول (10)
• مقدمه (11)
  • پیش‌نیاز زیستی (13)
    • دنا (13)
    • ژن (13)
    • بیان ژن (14)
    • تنظیم بیان ژن (14)
    • راه‌انداز (15)
    • تقویت‌گر (15)
    • عامل رونویسی (15)
    • هم-بیانی دو ژن (16)
    • هیستون (16)
    • فامینه (16)
    • محدوده‌های مکانی فامینه (16)
    • تحلیل غنای ژنی (17)
  • فناوری Hi-C (17)
  • اصطلاحات مربوط به فناوری (20)
  • شبکه‌های پیچیده (21)
    • شبکه‌های چندلایه (22)
    • انجمن‌‌ها (22)
  • شبکه‌ی تعاملات فامینه (23)
  • تعریف مسئله (23)
  • اهمیت و کاربرد (24)
  • چالش‌ها (25)
  • دستاوردهای پایان‌نامه (26)
  • ساختار پایان‌نامه (27)
• پژوهش‌های پیشین (29)
  • روش‌های بهنجارسازی و تصحیح پس‌زمینه (29)
    • روش‌های بهنجارسازی (30)
    • روش‌های تصحیح پس‌زمینه (32)
    • ارزیابی نحوه‌ی محاسبه‌ی مقدار خوانده‌ی قابل انتظار برای تعامل‌ها (36)
  • تحلیل شبکه تعاملات فامینه از منظر شبکه‌های پیچیده (39)
    • بررسی ویژگی‌های مشترک انجمن‌های کشف شده در شبکه‌ی تعاملات فامینه (39)
    • پیش‌بینی هم-بیانی ژن‌ها (41)
    • پیدا کردن محدوده‌های مکانی فامینه (41)
  • تحلیل سایر شبکه‌های زیستی از منظر شبکه‌های پیچیده (44)
    • مطالعات مربوط به شبکه‌های زیستی تک‌لایه (45)
    • مطالعات مربوط به شبکه‌های زیستی چندلایه (45)
  • جمع‌بندی (46)
• راهکار پیشنهادی (47)
  • تصحیح پس‌زمینه (47)
    • توزیع مورد استفاده (48)
    • محاسبه‌ی تعداد خوانده‌ی مورد انتظار (49)
    • حذف تاثیر تعامل‌های واقعی (55)
    • آموزش مدل (55)
    • استنتاج روابط (56)
    • جمع‌بندی (60)
  • شبکه‌ی یک‌لایه‌ی تعاملات فامینه (60)
  • شبکه‌ی چندلایه‌ برای مدل کردن فعالیت و تنظیم گروهی ژن‌ها (60)
    • لایه‌های شبکه (61)
    • نحوه‌ی ساخت شبکه و پایگاه‌داده‌های مورد استفاده (63)
    • هرس کردن موجودیت‌ها و روابط طبق تعامل‌های بین قطعات (67)
  • نحوه‌ی تشخیص انجمن در شبکه (67)
    • تشخیص انجمن در شبکه‌ی یک لا‌یه‌ی تعاملات فامینه (67)
    • تشخیص انجمن در شبکه‌ی چندلایه‌ی فعالیت و تنظیم گروهی ژن‌ها (68)
  • جمع‌بندی (73)
• نتایج ارزیابی (75)
  • معرفی نمونه‌های Hi-C (75)
  • مشخصات نمونه‌ها (75)
  • ارزیابی مدل پس‌زمینه (76)
    • تعامل‌های با p-value 0.001 با حفظ قید FDR = 0.05 (77)
    • یک درصد از تعامل‌های با بیشترین اولویت (80)
    • دسته تعامل‌های مشترک در سه مدل (80)
  • درصد تعامل‌های مشترک (83)
  • انجمن‌های مشترک (83)
  • نتایج مربوط به شبکه‌ی چندلایه (85)
  • جمع‌بندی (88)
• جمع‌بندی و کارهای آتی (90)
• مراجع (90)