• 1 مقدمه (10)
  • 1‏.‏1 تعریف مسأله (13)
  • 1‏.‏2 ساختار پایان نامه (14)
• 2 ادبیات موضوع (16)
  • 2‏.‏1 ساختار دی‌ان‌ای (16)
  • 2‏.‏2 بیان ژن (17)
  • 2‏.‏3 ریزآرایه (19)
    • 2‏.‏3‏.‏1 افی‌متریکس (20)
    • 2‏.‏3‏.‏2 انواع ریزآرایه (22)
    • 2‏.‏3‏.‏3 انواع پیوند‌ها (23)
  • 2‏.‏4 توالی‌یابی ار‌ان‌ای (24)
  • 2‏.‏5 تعریف مسأله (24)
• 3 بررسی کار‌های پیشین (26)
  • 3‏.‏1 مقدمه (26)
  • 3‏.‏2 استفاده از ویژگی شناسه‌ها و شدت نور دریافتی از آن‌ها (27)
  • 3‏.‏3 استفاده از ویژگی‌های ترمودینامیکی (36)
  • 3‏.‏4 جمع‌بندی (37)
• 4 راه حل‌های پیشنهادی (38)
  • 4‏.‏1 مقدمه (38)
    • 4‏.‏1‏.‏1 داده‌های استفاده شده (38)
    • 4‏.‏1‏.‏2 نرم‌افزار مورد استفاده (39)
    • 4‏.‏1‏.‏3 نرمال سازی (40)
    • 4‏.‏1‏.‏4 پیش‌پردازش اولیه (41)
    • 4‏.‏1‏.‏5 روش پیشنهادی (50)
  • 4‏.‏2 یافتن شناسه‌های مشکوک به پیوند ضربدری (52)
    • 4‏.‏2‏.‏1 استفاده از کی-مر‌ها (57)
    • 4‏.‏2‏.‏2 هم‌ردیفی با کل ژنوم (57)
    • 4‏.‏2‏.‏3 پیدا کردن تعداد خوانده‌ها (59)
    • 4‏.‏2‏.‏4 پیدا کردن شناسه‌های پرت برای تمامی نمونه‌ها (61)
    • 4‏.‏2‏.‏5 هم‌ردیفی شناسه‌ها به خوانده‌های بدست آمده از توالی‌یابی ار‌ان‌ای (62)
  • 4‏.‏3 نتیجه گیری (64)
• 5 ارزیابی (66)
• 6 کار‌های آتی (72)
• کتاب‌نامه (74)
• واژه‌نامه‌ی فارسی به انگلیسی (78)
• واژه‌نامه‌ی انگلیسی به فارسی (82)