• فهرست شکل‌ها (11)
• فهرست جدول‌ها (12)
• ‌پیش‌گفتار (13)
• کاربرد نظریه بازی‌ها در زیست شناسی محاسباتی (15)
  • بازی‌های همکاری (16)
    • بازی‌های ائتلافی (18)
    • راه حل (18)
      • هسته (18)
      • شاخص بنزهاف (18)
      • ارزش شپلی (19)
    • بازی ریز آرایه (19)
    • تحلیل چند اغتشاشی ارزش شپلی (20)
      • کاربرد ارزش شپلی (20)
  • نظریه بازی‌های تکاملی (21)
    • استراتژی تکاملی پایدار (21)
    • دینامیک تکرار شونده (23)
    • مدل‌سازی تکامل ویروس (24)
      • مدل اولیه زیست‌شناسی عفونت (24)
    • مدل آلودگی با دو انگل (25)
• ‌محاسبه ارزش شپلی (27)
  • پیچیدگی محاسباتی ارزش شپلی (27)
  • روش‌های محاسبه قطعی ارزش شپلی (29)
    • روش شمارش مستقیم (29)
    • روش توابع مولد (29)
    • روش کونتزر و سندهلم (30)
    • روش ایونگ و شوهام (30)
    • جمع بندی (30)
  • روش‌های محاسبه تقریبی ارزش شپلی (30)
    • روش شبیه‌سازی مونت‌کارلو (31)
    • روش چندخطی (31)
    • روش اصلاح شده چندخطی (33)
    • روش جایگشت تصادفی (33)
    • جمع بندی (34)
  • پیچیدگی محاسباتی تقریب ارزش شپلی (34)
• بازی خط سیر ژن (35)
  • بازی خط سیر یکتا (36)
    • کمترین تعداد آزمایش (36)
    • مدل سازی با درخت تصمیم (37)
    • محاسبه ارزش شپلی و بنرهاف (38)
    • نتیجه گیری (39)
  • خط سیر مجزا (39)
    • یافتن مجموعه‌ها با تعداد آزمایش کم (40)
      • الگوریتم پیمایشی (40)
      • الگوریتم جستجویی (41)
    • حد پایین تعداد آزمایش‌ها (43)
      • عدد بل (43)
      • شمارش خط سیر‌های مجزا (45)
    • محاسبه ارزش شپلی و شاخص بنزهاف (46)
      • محاسبه ارزش شپلی (46)
      • محاسبه شاخص بنزهاف (48)
    • چند خط سیر یکتا (49)
    • جمع بندی (51)
  • خط سیر نامجزا (51)
    • مجموعه با ترتیب جزئی (52)
      • تعاریف مقدماتی (53)
      • خانواده اسپرنر و تابع‌های دودویی یکنوا (54)
      • شمارش توابع دودویی یکنوا و خانواده اسپرنر (55)
      • دوگان اشتراکی (56)
    • تناظر یک به یک خط سیر و آزمایش‌ها (58)
    • حد پایین تعداد آزمایش‌ها (59)
    • پیچیدگی محاسبات و تقریب ارزش شپلی و بیزهاف (59)
    • جمع بندی (59)
  • خط سیر گرافی (60)
• نتیجه‌گیری و پیشنهادهایی برای ادامه پژوهش (61)
• مراجع (64)
• پیوست‌ها (69)
• مروری بر نظریه بازی‌ها (70)
• زیست شناسی محاسباتی چیست؟ (75)
  • آشنایی (76)
  • زمینه‌های مهم بیوانفورماتیک (77)
    • تحلیل توالی‌های ژنوم (77)
    • برهم کنش و ساختار پروتئین‌ها (78)
    • ایجاد و مدیریت پایگاه‌های داده ای (78)
    • مدل‌سازی ریاضی فرآیندهای حیات (78)
    • موضوع‌های سیستم‌های نرم‌افزاری بیوانفورماتیک (79)
  • نتیجه‌گیری (79)