• فهرست شکل‌ها (6)
• فهرست جدول‌ها (8)
• مقدمه (10)
  • تعریف مسئله (10)
  • اهمیت (12)
  • چالش‌ها (13)
  • ‌ساختار پایان‌نامه (14)
• مفاهیم‌ زیست‌شناسی و یادگیری ماشین (16)
  • مفاهیم زیست‌شناسی (16)
    • مولکول DNA (17)
    • ژن (18)
    • تولید پروتئین (18)
    • بیان ژن (20)
  • یادگیری ماشین (21)
    • رگرسیون (22)
    • تجزیه‌ی مقدار تکین (25)
    • شبکه ‌عصبی (27)
    • دسته‌بندی k-means (31)
    • روش حریصانه و بدون ناظر برای انتخاب زیرمجموعه‌ای از ستون‌ها (33)
• مروری بر پژوهش‌های پیشین (36)
  • تخمین مقادیر گمشده (36)
    • K نزدیک‌ترین همسایه‌ی وزن‌دار (37)
    • روش‌ مبتنی بر تجزیه‌ی مقدار تکین (38)
    • روش کاهش رتبه ماتریس (39)
    • روش کم‌رتبه‌ی خطی (41)
  • انتخاب ژن‌های کلیدی و تخمین ژن‌های نامعلوم (43)
    • تخمین ژن‌های نامعلوم با استفاده از رگرسیون خطی و غیرخطی توسط ژن‌های انتخاب شده با روش بیزین (44)
    • D-GEX (45)
  • جمع‌بندی (47)
• روش پژوهش (50)
  • راهکارهای‌‌ پیشنهادی (50)
    • روش تخمین برای ماتریس کم‌مرتبه (51)
    • روش حریصانه برای یافتن ژن‌های کلیدی (54)
    • الگوریتم تکرارشونده (55)
  • جمع‌بندی (60)
• شبیه‌سازی و نتایج (62)
  • معرفی دادگان (62)
    • دادگان RNA-Seq پروژه‌ی (GTEx) (62)
    • دادگان میکروآرایه‌ی GEO (63)
    • دادگان Rat Genome Array (63)
  • پیش‌پردازش دادگان (64)
  • پیاده‌سازی روش‌های پیشنهادی (64)
    • پیاده‌سازی روش ارائه‌شده‌ی ماتریسی برای تخمین (64)
    • مقایسه‌ی روش‌های پیشنهادی (66)
    • مقایسه‌ی ژن‌های به‌دست‌آمده از الگوریتم تکرار شونده و k-means (69)
  • معیارهای ارزیابی (73)
    • آموزش، اعتبارسنجی و آزمایش مدل (73)
    • روش‌های سنجش خطا (74)
    • نتایج ارزیابی‌ (74)
  • ‌جمع‌بندی (75)
• جمع‌بندی و کارهای آتی (76)
  • دستاورد‌ها (77)
  • کارهای آینده (77)
• مراجع (77)