• فهرست شکل‌ها (7)
• فهرست جدول‌ها (8)
• مقدمه (9)
  • تعریف مسئله (11)
  • اهمیت (13)
  • چالش‌ها (15)
  • ‌ساختار پایان‌نامه (16)
• مفاهیم‌ زیست‌شناسی و روش‌های اندازه‌گیری بیان ژن (19)
  • مفاهیم زیست‌شناسی (19)
    • کرومزوم (19)
    • مولکول DNA (20)
    • ژن (21)
    • مولکول mRNA (21)
    • بیان ژن (22)
    • پروتئين (22)
  • روش‌های اندازه‌گیری بیان ژن (24)
    • روش q-PCR (24)
    • تکنولوژی میکروآرایه (25)
    • روش توالی‌یابی RNA (29)
    • مقایسه روش‌های اندازه‌گیری بیان ژن (30)
• مروری بر پژوهش‌های پیشین (33)
  • روش‌های نرمال‌سازی داده‌های میکروآرایه (34)
  • پژوهشهاي پيشين مرتبط با ايده حل مسئله (37)
  • جمع‌بندی (38)
• روش پژوهش (41)
  • اهمیت پیش‌پردازش‌ داده‌ها (42)
  • راهکار‌های‌ پیشنهادی (43)
    • راهکار پیشنهادی مبتنی بر فرضیه اول (44)
    • راهکار پیشنهادی مبتنی بر فرضیه دوم (47)
  • جمع‌بندی (53)
• شبیه‌سازی و نتایج (55)
  • معرفی ‌دادگان (55)
  • پیش پردازش دادگان (57)
    • پیش پردازش دادگان میکروآرایه (57)
    • پیش پردازش داده‌های توالی‌یابی RNA (60)
  • معرفی معیار‌های ارزیابی (61)
    • همبستگی پیرسون (61)
    • میانگین مربعات خطا (62)
    • ژن‌های با بیان متفاوت (62)
  • پیاده‌سازی روش‌های پیشنهادی (62)
    • روش پیشنهادی متناسب با فرضیه اول (63)
    • روش پیشنهادی متناسب با فرضیه دوم (65)
    • نتایج ارزیابی‌ (67)
  • ‌جمع‌بندی (75)
• جمع‌بندی و کارهای آتی (77)
  • دستاورد‌ها (78)
  • کارهای آینده (79)
• مراجع (79)
• واژه‌نامه انگلیسی به فارسی (84)
• واژه‌نامه فارسی به انگلیسی (87)