• لیست جداول (8)
• لیست تصاویر (9)
• مقدمه (14)
  • پیش‌نیاز زیست‌شناسی (14)
    • DNA و کروموزوم (14)
    • تغییرات ژنتیکی (18)
  • توالی‌یابی DNA (22)
    • توالی‌یابی ازسرنو (24)
    • بازتوالی‌یابی (26)
  • نقاط ضعف روش‌های موجود بازتوالی‌یابی (28)
• مروری بر ابزارهای بازتوالی‌یابی (30)
  • محدودیت‌های نظریه اطلاعاتی بازتوالی‌یابی (30)
    • الگوهای نامطلوب بازتوالی‌یابی (30)
    • شرط لازم برای فراخوانی SNV (31)
  • الگوریتم‌ها و ابزارهای کنونی بازتوالی‌یابی (32)
    • فراخوان تفاوت GATK (32)
    • فراخوان تفاوت mpileup samtools (34)
    • بررسی دو رویکرد در الگوریتم‌های محلی فراخوانی تفاوت (37)
    • الگوریتم بازتوالی‌یابی sniper (38)
• الگوریتم پیشنهادی (42)
  • محاسبه تابع درست‌نمایی (43)
  • فراخوانی اولیه نقاط بدون ابهام (45)
  • کنده‌ها و خوشه‌ها (47)
  • ساختن لیست توالی‌های داوطلب برای کنده‌ها (49)
    • الگوریتم برنامه‌ریزی پویا برای کدگشایی لیستی (51)
  • فراخوانی نهایی کنده‌ها در خوشه‌ها (53)
• شبیه‌سازی و نتایج (57)
  • مقایسه الگوریتم پیشنهادی و دو رویکرد رایج در الگوریتم‌های محلی (58)
  • مقایسه الگوریتم پیشنهادی و mpileup samtools (59)
• نتیجه‌گیری و پیشنهادات برای کارهای آتی (63)
• مراجع (65)
• چکیده انگلیسی (69)