• مقدمه (11)
  • اهمیت و کاربرد (11)
  • ساختار سند (13)
• مدل‌سازی سامانه‌های زیستی (15)
  • دانش زیست‌شناسی سامانه‌ای (15)
    • کل‌نگری؛ علیه تقلیل‌گرایی (16)
    • ادراک ماشینی از موجود زنده (19)
  • مدل‌سازی در زیست‌شناسی سامانه‌ای (23)
• مدل‌سازی سرطان (29)
  • روش‌های مدل‌سازی سرطان (30)
    • مدل‌های مُشبّک (اتوماتای سلولی) (30)
    • مدل‌های غیرمُشبّک (عامل‌محور) (36)
  • پیشینه‌ی پژوهش (37)
• مدل پیشنهادی برای سرطان ملانوم (41)
  • چارچوب و ساختار مدل (41)
  • مؤلفه‌های مدل (42)
    • سطوح درون‌سلولی و بین‌سلولی (43)
    • سطح انتشار مواد شیمیایی (51)
    • سطح بستر مویرگی (60)
  • روند شبیه‌سازی (62)
• تحلیل و ارزیابی مدل (64)
  • شبیه‌سازی و تحلیل مدل (64)
  • ارزیابی مدل (73)
    • نمودار رشد گمپرتز (74)
    • داده‌های آزمایشگاهی (76)
    • استاندارد STD-7009 (77)
  • خلاصه و جمع‌بندی (83)
• کارهای آتی (85)
• پیوست: تعاریف و مفاهیم پایه‌ی زیستی (89)
• کتاب‌نامه (103)
• واژه‌نامه‌ی فارسی به انگلیسی (103)
• واژه‌نامه‌ی انگلیسی به فارسی (111)