• سپاس‌گزاری (5)
• مقدمه (17)
  • پیشگفتار (17)
  • پروتئین (19)
  • یاخته (20)
  • چارچوب یاخته (21)
    • فیلامنت‌های میانی (22)
    • ریزلوله‌ها (23)
    • اکتین (23)
      • تکپار اکتین (25)
      • رشته‌ی اکتین (27)
  • مقدمه‌ای بر روش دینامیک مولکولی (28)
    • میدان‌های نیرویی (30)
      • انرژی‌های پیوندی (31)
      • انرژی‌های ناپیوندی (32)
    • کمینه‌سازی انرژی (34)
    • انتگرال‌گیری (34)
    • شعاع قطع (35)
    • شرایط مرزی متناوب (37)
    • دینامیک مولکولی هدایت‌شده (38)
  • مروری بر روش‌های دینامیک مولکولی درشت‌دانه (39)
    • روش ساختارمحور (40)
    • روش شکل‌محور (41)
  • ساختار و محتوای پایان‌نامه (42)
  • جمع‌بندی (43)
• مروری بر ادبیات موضوع و پیشینه‌ی پژوهش (45)
  • مقدمه (45)
  • مطالعات آزمایشگاهی و تجربی (45)
    • شکل ساختاری تکپار و رشته‌ی اکتین (46)
    • سختی کششی رشته‌ی اکتین (47)
    • صلبیت پیچشی رشته‌ی اکتین (48)
    • صلبیت خمشی رشته‌ی اکتین (50)
    • مقایسه‌ی مطالعات آزمایشگاهی رفتار مکانیکی اکتین (50)
  • مطالعات مدل‌سازی و شبیه‌سازی‌های رایانه‌ای (52)
    • شبیه‌سازی‌های دینامیک مولکولی تمام‌اتم بر روی تکپار اکتین (55)
    • شبیه‌سازی‌های دینامیک مولکولی تمام‌اتم بر روی رشته‌ی اکتین (57)
    • شبیه‌سازی‌های دینامیک مولکولی دانه‌درشت (60)
  • اهداف و نوآوری‌های پژوهش (65)
    • مطالعه‌ی رفتار مکانیکی تکپار اکتین (65)
    • مطالعه‌ی رفتار مکانیکی رشته‌ی اکتین (66)
  • جمع‌بندی (67)
• رفتار مکانیکی تکپار اکتین (69)
  • مقدمه (69)
  • سختی کششی تکپار اکتین در جهت محوری (69)
    • ابزارها و شرایط حاکم بر شبیه‌سازی (70)
    • روش استخراج سختی کششی محوری (72)
    • نتایج و تحلیل نتایج (75)
      • محاسبه‌ی طول پایسته (80)
      • محاسبه‌ی سختی رشته‌ی اکتین (81)
  • سختی کششی تکپار اکتین در جهت عرضی (83)
    • ابزارها و روش‌ها (85)
    • نتایج و تحلیل نتایج (86)
  • جمع‌بندی (91)
• شبیه‌سازی تمام‌اتم رفتار مکانیکی رشته‌ی اکتین (93)
  • مقدمه (93)
  • رفتار کششی رشته‌ی اکتین (94)
    • ساخت سیستم اولیه و شرایط حاکم بر شبیه‌سازی (94)
    • تست کشش و اعمال نیروی خارجی ثابت (97)
    • نوسانات آزاد طول رشته‌ی اکتین (100)
  • رفتار خمشی رشته‌ی اکتین (105)
  • رفتار پیچشی رشته‌ی اکتین (109)
  • رفتار ویسکوالاستیک رشته‌ی اکتین (113)
    • وابستگی رفتار به نرخ کرنش (114)
    • خزش (115)
    • حلقه‌ی پسماند (116)
    • مدل‌های ویسکوالاستیک (118)
    • نتایج و تحلیل نتایج (119)
  • جمع‌بندی (123)
• شبیه‌سازی دانه‌درشت رفتار مکانیکی رشته‌ی اکتین (125)
  • مقدمه (125)
  • ساخت سیستم درشت‌دانه و شرایط حاکم بر شبیه‌سازی (126)
  • رفتار کششی رشته‌ی اکتین (128)
  • رفتار پیچشی رشته‌ی اکتین (131)
  • رفتار خمشی رشته‌ی اکتین (133)
  • جمع‌بندی (135)
• نتیجه‌گیری و روند پیش ‌رو (137)
  • جمع‌بندی و نتیجه‌گیری (137)
  • محدودیت‌ها (139)
  • روند پیش رو و پیشنهادها (140)
    • رفتار مکانیکی تکپار اکتین (140)
    • رفتار مکانیکی رشته‌ی اکتین تمام‌اتم (141)
    • رفتار مکانیکی رشته‌ی اکتین درشت‌دانه (143)
• کتاب‌نامه (144)
• چکیده انگلیسی (167)
• چکیده
• سپاس‌گزاری (5)
• مقدمه (17)
  • پیشگفتار (17)
  • پروتئین (19)
  • یاخته (20)
  • چارچوب یاخته (21)
    • فیلامنت‌های میانی (22)
    • ریزلوله‌ها (23)
    • اکتین (23)
      • تکپار اکتین (25)
      • رشته‌ی اکتین (27)
  • مقدمه‌ای بر روش دینامیک مولکولی (28)
    • میدان‌های نیرویی (30)
      • انرژی‌های پیوندی (31)
      • انرژی‌های ناپیوندی (32)
    • کمینه‌سازی انرژی (34)
    • انتگرال‌گیری (34)
    • شعاع قطع (35)
    • شرایط مرزی متناوب (37)
    • دینامیک مولکولی هدایت‌شده (38)
  • مروری بر روش‌های دینامیک مولکولی درشت‌دانه (39)
    • روش ساختارمحور (40)
    • روش شکل‌محور (41)
  • ساختار و محتوای پایان‌نامه (42)
  • جمع‌بندی (43)
• مروری بر ادبیات موضوع و پیشینه‌ی پژوهش (45)
  • مقدمه (45)
  • مطالعات آزمایشگاهی و تجربی (45)
    • شکل ساختاری تکپار و رشته‌ی اکتین (46)
    • سختی کششی رشته‌ی اکتین (47)
    • صلبیت پیچشی رشته‌ی اکتین (48)
    • صلبیت خمشی رشته‌ی اکتین (50)
    • مقایسه‌ی مطالعات آزمایشگاهی رفتار مکانیکی اکتین (50)
  • مطالعات مدل‌سازی و شبیه‌سازی‌های رایانه‌ای (52)
    • شبیه‌سازی‌های دینامیک مولکولی تمام‌اتم بر روی تکپار اکتین (55)
    • شبیه‌سازی‌های دینامیک مولکولی تمام‌اتم بر روی رشته‌ی اکتین (57)
    • شبیه‌سازی‌های دینامیک مولکولی دانه‌درشت (60)
  • اهداف و نوآوری‌های پژوهش (65)
    • مطالعه‌ی رفتار مکانیکی تکپار اکتین (65)
    • مطالعه‌ی رفتار مکانیکی رشته‌ی اکتین (66)
  • جمع‌بندی (67)
• رفتار مکانیکی تکپار اکتین (69)
  • مقدمه (69)
  • سختی کششی تکپار اکتین در جهت محوری (69)
    • ابزارها و شرایط حاکم بر شبیه‌سازی (70)
    • روش استخراج سختی کششی محوری (72)
    • نتایج و تحلیل نتایج (75)
      • محاسبه‌ی طول پایسته (80)
      • محاسبه‌ی سختی رشته‌ی اکتین (81)
  • سختی کششی تکپار اکتین در جهت عرضی (83)
    • ابزارها و روش‌ها (85)
    • نتایج و تحلیل نتایج (86)
  • جمع‌بندی (91)
• شبیه‌سازی تمام‌اتم رفتار مکانیکی رشته‌ی اکتین (93)
  • مقدمه (93)
  • رفتار کششی رشته‌ی اکتین (94)
    • ساخت سیستم اولیه و شرایط حاکم بر شبیه‌سازی (94)
    • تست کشش و اعمال نیروی خارجی ثابت (97)
    • نوسانات آزاد طول رشته‌ی اکتین (100)
  • رفتار خمشی رشته‌ی اکتین (105)
  • رفتار پیچشی رشته‌ی اکتین (109)
  • رفتار ویسکوالاستیک رشته‌ی اکتین (113)
    • وابستگی رفتار به نرخ کرنش (114)
    • خزش (115)
    • حلقه‌ی پسماند (116)
    • مدل‌های ویسکوالاستیک (118)
    • نتایج و تحلیل نتایج (119)
  • جمع‌بندی (123)
• شبیه‌سازی دانه‌درشت رفتار مکانیکی رشته‌ی اکتین (125)
  • مقدمه (125)
  • ساخت سیستم درشت‌دانه و شرایط حاکم بر شبیه‌سازی (126)
  • رفتار کششی رشته‌ی اکتین (128)
  • رفتار پیچشی رشته‌ی اکتین (131)
  • رفتار خمشی رشته‌ی اکتین (133)
  • جمع‌بندی (135)
• نتیجه‌گیری و روند پیش ‌رو (137)
  • جمع‌بندی و نتیجه‌گیری (137)
  • محدودیت‌ها (139)
  • روند پیش رو و پیشنهادها (140)
    • رفتار مکانیکی تکپار اکتین (140)
    • رفتار مکانیکی رشته‌ی اکتین تمام‌اتم (141)
    • رفتار مکانیکی رشته‌ی اکتین درشت‌دانه (143)
• کتاب‌نامه (144)
• چکیده انگلیسی (167)
• چکیده
• سپاس‌گزاری (5)
• مقدمه (17)
  • پیشگفتار (17)
  • پروتئین (19)
  • یاخته (20)
  • چارچوب یاخته (21)
    • فیلامنت‌های میانی (22)
    • ریزلوله‌ها (23)
    • اکتین (23)
      • تکپار اکتین (25)
      • رشته‌ی اکتین (27)
  • مقدمه‌ای بر روش دینامیک مولکولی (28)
    • میدان‌های نیرویی (30)
      • انرژی‌های پیوندی (31)
      • انرژی‌های ناپیوندی (32)
    • کمینه‌سازی انرژی (34)
    • انتگرال‌گیری (34)
    • شعاع قطع (35)
    • شرایط مرزی متناوب (37)
    • دینامیک مولکولی هدایت‌شده (38)
  • مروری بر روش‌های دینامیک مولکولی درشت‌دانه (39)
    • روش ساختارمحور (40)
    • روش شکل‌محور (41)
  • ساختار و محتوای پایان‌نامه (42)
  • جمع‌بندی (43)
• مروری بر ادبیات موضوع و پیشینه‌ی پژوهش (45)
  • مقدمه (45)
  • مطالعات آزمایشگاهی و تجربی (45)
    • شکل ساختاری تکپار و رشته‌ی اکتین (46)
    • سختی کششی رشته‌ی اکتین (47)
    • صلبیت پیچشی رشته‌ی اکتین (48)
    • صلبیت خمشی رشته‌ی اکتین (50)
    • مقایسه‌ی مطالعات آزمایشگاهی رفتار مکانیکی اکتین (50)
  • مطالعات مدل‌سازی و شبیه‌سازی‌های رایانه‌ای (52)
    • شبیه‌سازی‌های دینامیک مولکولی تمام‌اتم بر روی تکپار اکتین (55)
    • شبیه‌سازی‌های دینامیک مولکولی تمام‌اتم بر روی رشته‌ی اکتین (57)
    • شبیه‌سازی‌های دینامیک مولکولی دانه‌درشت (60)
  • اهداف و نوآوری‌های پژوهش (65)
    • مطالعه‌ی رفتار مکانیکی تکپار اکتین (65)
    • مطالعه‌ی رفتار مکانیکی رشته‌ی اکتین (66)
  • جمع‌بندی (67)
• رفتار مکانیکی تکپار اکتین (69)
  • مقدمه (69)
  • سختی کششی تکپار اکتین در جهت محوری (69)
    • ابزارها و شرایط حاکم بر شبیه‌سازی (70)
    • روش استخراج سختی کششی محوری (72)
    • نتایج و تحلیل نتایج (75)
      • محاسبه‌ی طول پایسته (80)
      • محاسبه‌ی سختی رشته‌ی اکتین (81)
  • سختی کششی تکپار اکتین در جهت عرضی (83)
    • ابزارها و روش‌ها (85)
    • نتایج و تحلیل نتایج (86)
  • جمع‌بندی (91)
• شبیه‌سازی تمام‌اتم رفتار مکانیکی رشته‌ی اکتین (93)
  • مقدمه (93)
  • رفتار کششی رشته‌ی اکتین (94)
    • ساخت سیستم اولیه و شرایط حاکم بر شبیه‌سازی (94)
    • تست کشش و اعمال نیروی خارجی ثابت (97)
    • نوسانات آزاد طول رشته‌ی اکتین (100)
  • رفتار خمشی رشته‌ی اکتین (105)
  • رفتار پیچشی رشته‌ی اکتین (109)
  • رفتار ویسکوالاستیک رشته‌ی اکتین (113)
    • وابستگی رفتار به نرخ کرنش (114)
    • خزش (115)
    • حلقه‌ی پسماند (116)
    • مدل‌های ویسکوالاستیک (118)
    • نتایج و تحلیل نتایج (119)
  • جمع‌بندی (123)
• شبیه‌سازی دانه‌درشت رفتار مکانیکی رشته‌ی اکتین (125)
  • مقدمه (125)
  • ساخت سیستم درشت‌دانه و شرایط حاکم بر شبیه‌سازی (126)
  • رفتار کششی رشته‌ی اکتین (128)
  • رفتار پیچشی رشته‌ی اکتین (131)
  • رفتار خمشی رشته‌ی اکتین (133)
  • جمع‌بندی (135)
• نتیجه‌گیری و روند پیش ‌رو (137)
  • جمع‌بندی و نتیجه‌گیری (137)
  • محدودیت‌ها (139)
  • روند پیش رو و پیشنهادها (140)
    • رفتار مکانیکی تکپار اکتین (140)
    • رفتار مکانیکی رشته‌ی اکتین تمام‌اتم (141)
    • رفتار مکانیکی رشته‌ی اکتین درشت‌دانه (143)
• کتاب‌نامه (144)
• چکیده انگلیسی (167)