• مقدمه و پیش‌نیازها (13)
  • پیش‌نیازهای زیست‌شناسی (13)
  • خودرمزگذار (17)
  • تعریف مسئله ادغام دادگان‌های تک-سلول (19)
  • تعریف مسئله نگاشت دادگان تک-سلول جدید به ادغام مرجع (21)
  • ویژگی‌های داده و مسئله (21)
  • اهداف تحقیق (22)
  • ساختار پایان‌نامه (22)
• پژوهش‌های پیشین (24)
  • روش MOFA+ (26)
  • روش Seurat (26)
  • روش totalVI (29)
  • روش MMD-MA (30)
  • روش UnionCom (31)
  • روش Cross-modal Autoencoder (33)
  • روش SCIM (34)
  • روش scArches (35)
  • جمع‌بندی (36)
• روش پیشنهادی (38)
  • معماری (39)
  • بهینه‌سازی (40)
    • خطای بازسازی (42)
    • خطای واگرایی KL (42)
    • خطای ادغام (44)
    • خطای ثبات دور (44)
  • روش پیشنهادی برای نگاشت به ادغام مرجع (45)
• چارچوب ارزیابی (47)
  • دادگان‌های مورد بررسی (48)
    • دادگان توالی‌یابی همزمان آران‌ای و اتک 10x Genomics (48)
    • دادگان توالی‌یابی همزمان آران‌ای و پروتئین‌های سطحی (48)
    • دادگان توالی‌یابی همزمان آران‌ای و پروتئین‌های سطحی بیماران مبتلا به کووید۱۹ (50)
  • معیارهای اندازه‌گیری کارایی مدل در ادغام داده‌های تک-سلول (50)
    • معیار Average silhouette width (ASW) (51)
    • معیار Graph connectivity (52)
    • معیار Normalised mutual information (NMI) (52)
    • معیار Adjusted Rand Index (ARI) (53)
    • معیار Isolated label silhouette (54)
  • نحوه ارزیابی کیفیت نگاشت دادگان جدید به ادغام مرجع (55)
  • مطالعه تاثیر ابرپارامترهای مدل بر روی کارایی آن (55)
  • جمع‌بندی (56)
• ارزیابی (57)
  • ارزیابی کارایی مدل بر روی دادگان‌های جفت‌شده (57)
  • ارزیابی کارایی مدل بر روی دادگان‌های جفت نشده (61)
  • ارزیابی کارایی مدل در نگاشت دادگان جدید به ادغام مرجع (63)
  • مطالعه تاثیر ابرپارامترهای مدل بر روی کارایی آن (63)
• نتیجه‌گیری و کارهای آتی (65)
• تصاویر و جداول تکمیلی (67)